Анализ кала пцр на кишечные инфекции
[09-134]
Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)
1920 руб.
Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.
Синонимы русские
ОКИ, ПЦР (кал).
Синонимы английские
Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.
Метод исследования
Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Кал.
Как правильно подготовиться к исследованию?
- Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
- Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.
Общая информация об исследовании
Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.
Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.
Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев “бактериологически неподтвержденной дизентерии”, особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.
Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.
Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).
В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.
Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНК-содержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.
Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.
Для чего используется исследование?
- Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
- для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).
Когда назначается исследование?
- При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
- при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
- при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).
Что означают результаты?
Референсные значения: отрицательно.
Причины положительного результата:
- присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).
Причины отрицательного результата:
- отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.
Важные замечания
- Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
- Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).
Также рекомендуется
- Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]
- anti-Shigella flexneri 1-5, anti-Shigella flexneri 6, anti-Shigella sonnei
- Посев кала на патогенную флору (диз. группа и тифо-паратифозная группа)
- Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам
- Анализ кала на цисты простейших
- Копрограмма
- Общий анализ крови (без лейкоцитарной формулы и СОЭ)
- Лейкоцитарная формула
- Скорость оседания эритроцитов (СОЭ)
Кто назначает исследование?
Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.
Литература
- Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
- Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.
Источник
Рolymerase Сhain Reaction (PCR), иначе полимеразная цепная реакция (ПЦР) – это прогрессивный метод лабораторной диагностики инфекционных заболеваний обнаружения генетических патологий, выявления неопластических клеток в начальной стадии рака.
ПЦР относится к генно-молекулярным исследованиям, что обеспечивает высокую точность показателей, минимизирует риск ложноположительных результатов. Для анализа используется биологический материал – кровь, моча, мазок, экскременты, ликвор (спинномозговая жидкость).
Специфика исследования методом ПЦР
Анализ кала на ПЦР выявляет возбудителей инфекционных заболеваний и дифференцирует их разновидность на генно-молекулярном уровне. В ходе исследования оцениваются макромолекулы ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) бактерий, простейших паразитов, глистов или РНК (рибонуклеиновой кислоты) вирусов. Для идентификации достаточно небольшого фрагмента патогена, обнаруженного в экскрементах.
В задачи молекулярной диагностики входит:
- обнаружение инфекционного агента;
- идентификация разновидности микроорганизма (вирус, бактерия, простейший и т. д.);
- дифференциация типа, рода, семейства и т. д.;
- определение тактики лечения, в соответствии с диагностированным заболеванием.
Образец биоматериала помещают в реактор (амплификатор), добавляют реакционную смесь. При последовательной смене температурного режима разрываются водородные цепи дезоксирибонуклеиновой кислоты, образуются комплексы матрицы с праймерами – короткими генетическими фрагментами.
Реагенты достраивают матричную цепь и в ходе реакции амплификации формируют множественные копии возбудителя. При достаточном количестве копий амплификатор дает качественно-количественную оценку обнаруженному возбудителю.
Макромолекулы РНК и ДНК являются носителями уникальной информации, характерной для определенного вида, поэтому точность результатов ПЦР-диагностики максимально приближена к 100%.
Спектр инфекций, определяемых методом PCR по образцу кала
Полимеразную цепную реакцию используют для диагностики кишечных бактериальных и вирусных инфекций, различных видов гельминтозов, заражения организма простейшими паразитами.
Неполный перечень возбудителей и болезней, определяемых методом ПЦР
Бактерии | ||
Helicobacter pylori | хеликобактер пилори | язв желудка и двенадцатиперстной кишки, гастрит, дуоденит, рак желудка |
Salmonella species | сальмонелла | сальмонеллез |
Campylobacte | кампилобактерия | кампилобактериоз |
Escherichia coli | кишечная палочка (энтеротоксигенные штаммы) | коли-инфекция |
Shigella | шигелла | дизентерия |
V. cholerae, Ber | холерный вибрион | холера |
Yersinia pseudotuberculosis | иерсиния | псевдотуберкулез (кишечный иерсиниоз) |
Вирусы | ||
Rotavirus | ротавирус | ротавирусная инфекция |
Adenovirus | аденовирус | кишечный грипп |
Astrovirus | астровирус | астровирусная инфекция, гастроэнтерит |
Norovirus | норовирус | норовирусная инфекция |
Гельминты и простейшие паразиты | ||
Giardia lamblia | лямблии | лямблиоз |
Enterobius | острицы | энтеробиоз |
Ascaris lumbricoides | аскариды | аскаридоз |
Trichocephalus trichiurus | власоглав | трихоцефалез |
Opisthorchis felineus и Opisthorchis viverrini | описторхи (печеночные сосальщики) | описторхоз |
Taenia solium | свиной цепень | тениоз |
Taenia saginata | бычий цепень | тениаринхоз |
Echinococcus | эхинококки | эхинококкоз |
Entamoeba histolytica | амеба дизентерийная | амебиаз |
В большинстве случаев, анализ ПЦР кала назначают для выявления кишечных вирусов, бактерии хеликобактер пилори, лямблий и дизентерийных амеб. Определение глистной инвазии, как правило, проводят посредством обычного исследования экскрементов на яйца глистов. Бактериальные инфекции диагностируют с помощью анализа на дизгруппу.
Во многих клиниках существует стандартный ПЦР-скрининг на кишечные инфекции, вызванные бактериями и вирусами. Профиль включает определение восьми возбудителей (сальмонелла, шигелла, кампилобактерия, кишечная палочка, ротавирус, аденовирус, астровирус, норовирус).
Медицинские специалисты
ПЦР используют для уточнения спорных диагнозов, при получении ложноположительных и ложноотрицательных результатов других исследований. Анализ кала методом полимеразной цепной реакции могут назначить:
- гастроэнтеролог (взрослый или детский);
- инфекционист;
- гепатолог;
- педиатр;
- терапевт.
- проктолог;
- онколог;
- диетолог.
По желанию сдать анализ можно самостоятельно на возмездной основе в любом диагностическом центре Москвы и других городов РФ.
Ключевые достоинства PCR-диагностики
Метод полимеразной цепной реакции обладает значительными преимуществами, в сравнении с иными анализами:
- Подлинность идентификации возбудителей. Определение генно-молекулярной структуры патогенного микроорганизма обеспечивает высокую точность результата.
- Гиперчувствительность к инфекционным агентам. Для выявления патогена достаточно его молекулярного присутствия в образце кала.
- Оперативность проведения анализа. Исследование в условиях лаборатории занимает 1-3 дня.
- Комплексность. Одного образца кала достаточно для проведения анализа на несколько патогенных микроорганизмов.
- Универсальность. С помощью Рolymerase Сhain Reaction возможно определить практически любых инфекционных агентов. Кроме того, анализ обнаруживает не только активные патогены, но и неактивные (погибшие под воздействием лекарственных препаратов).
- Специфичность. В отличие от серологических методов, ПЦР не допускает перекрестных реакций иммуноглобулинов с близкородственными не комплементарными антигенами. Такая особенность исключает получение ложноположительных результатов анализа.
Важно! Проведение исследования методом ПЦР возможно только в специально оснащенных лабораториях при условии абсолютной стерильности и высокой профессиональной квалификации персонала. Присутствие любых посторонних ДНК в воздухе может повлиять на итоговые показатели анализа.
Ошибочные результаты PCR фиксируются при редком явлении генной мутации бактерий и вирусов.
Варианты контейнеров для сбора кала на анализы
Подготовка к сдаче биоматериала на анализ
Стандартные правила подготовки перед сбором экскрементов для ПЦР-диагностики включают:
- Отказ от приема любых медикаментов за 3-4 суток. Энтеросорбенты и антибиотики оказывают влияние на кишечную флору, слабительные лекарства – на моторику кишечника, препараты железа – на окрас экскрементов. Это может «смазать» картину итоговых результатов.
- Устранение из меню продуктов, провоцирующих интенсивное газообразование (блюда из бобовых, капусту, сдобу и ржаной хлеб), за 2-3 дня.
- Исключение ректальных суппозиториев и микроклизм.
- Отказ от употребления спиртных напитков за 2-3 дня.
При назначенной рентгенографии желудка с использованием бария обследование нельзя проходить до сдачи образца кала. Грудным детям за 3-4 дня не рекомендуется вводить новый прикорм.
Сбор биоматериала на анализ
Сбор и транспортировка биоматериала на исследование методом полимеразной цепной реакции допускается только в стерильном контейнере, который необходимо заранее приобрести в аптеке. Аптечный контейнер имеет герметичную крышку и снабжен специальной ложечкой. Сдать образец кала в лабораторию необходимо утром. Максимальный интервал доставки составляет 3 часа.
При сборе кала следует придерживаться алгоритма:
- Провести гигиену аноректальной зоны без использования мыла (геля).
- Опорожнить мочевой пузырь.
- Произвести дефекацию в судно (использовать бумагу или полиэтилен). Если собирать образец из унитаза, неизбежно попадание микробов.
- Заполнить аптечную емкость на 1/3 часть фрагментами фекалий (для этого использовать ложечку).
- Герметично закрыть крышку контейнера.
- Оперативно доставить биологический материал в лабораторию медицинского учреждения.
Важно! Запрещается пить слабительные лекарства (в том числе, травяные сборы и БАДы) и проводить процедуру клизмирования. Образец для исследования должен быть получен естественным способом.
Если незамедлительная транспортировка кала к месту исследования невозможна, плотно закрытый контейнер нужно поместить в холодильнике не более, чем на 12 часов. Хранение экскрементов в морозильной камере или при комнатной температуре делает их непригодными к молекулярному исследованию.
При сборе каловых масс с подгузника грудного ребенка важно следить, чтобы в контейнер не попали фрагменты гигиенической ткани. Женщинам не рекомендуется собирать кал для ПЦР-диагностики в первую неделю фолликулярной фазы менструального цикла.
Возможные примеси менструальной крови помешают исследованию. При необходимости проведения экстренного анализа влагалище необходимо закрыть гигиеническим тампоном. Молекулярная диагностика чувствительна к попаданию любых примесей.
Во время процедуры сбора биоматериала нельзя касаться внутренней стороны емкости, ложечки и крышки. Реакция амплификации может создать копии ДНК, случайно попавшей с рук. Итоговые данные будут ложными.
Результаты анализа
В указанное время пациент получает бланк с качественной интерпретацией результата. Варианты могут быть:
- «обнаружено» или «положительно» – наличие инфекционного заболевания;
- «не обнаружено» или «отрицательно» – отсутствие заражения.
Положительный результат при отсутствии выраженных проявлений болезни свидетельствует о латентном бессимптомном течении инфекции или пребывании возбудителя в стадии инкубации.
Пример бланка результатов молекулярного исследования кала
Итоги
ПЦР – один из самых информативных диагностических методов. Реакция амплификации базируется на определении ДНК и РНК возбудителей инфекционных заболеваний, что обеспечивает высокую точность результатов.
ПЦР анализ кала позволяет выявить вирусные и бактериальные кишечные инфекции, обнаружить инвазии простейших паразитов и гельминтов, а также на 100% идентифицировать патогенные микроорганизмы. Время выполнения исследования – 1-3 суток, в зависимости от загруженности лаборатории.
Источник
Репродуктивная система (половые гормоны)
Сердечно-сосудистая система
Система гемостаза (свертывание крови)
Антифосфолипидный синдром (АФС)
Беременность (пренатальный скрининг)
Воспалительные заболевания кишечника
Герпетические инфекции (герпес-вирусы)
Демиелинизирующие заболевания
Дисбаланс витаминов и микроэлементов
Заболевания желудочно-кишечного тракта
Заболевания предстательной железы
Заболевания щитовидной железы
Лимфопролиферативные заболевания
Нарушения биоценоза влагалища
Нарушения иммунного статуса
Нарушения свертывания крови
Обследование перед госпитализацией
Онкологические заболевания и онкомаркеры
Паразитарные инвазии (гельминты)
Подготовка к беременности
Сердечно -сосудистые заболевания
Сердечно-сосудистые заболевания
Эпидемический паротит (свинка)
Алергология. ImmunoCAP. Индивидуальные аллергены, IgE
Аллергены животных и птиц, IgE
Аллергокомпоненты ImmunoCAP
Аллергокомпоненты деревьев
Аллергокомпоненты животных и птиц
Аллергокомпоненты плесени
Пищевые аллергокомпоненты
Аллергология. ImmunoCAP. Комплексные исследования IgE (результат по каждому аллергену)
Аллергология. ImmunoCAP. Панели аллергенов IgE, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)
Аллергология. ImmunoCAP. Фадиатоп
Аллергология. Immulite. Индивидуальные аллергены
Аллергены гельминтов, IgE
Аллергены грибов (кандида и плесневых), IgE
Аллергены животных и птиц, IgE
Аллергены клещей домашней пыли, IgE
Аллергены лекарств и химических веществ, IgE
Бактериальные аллегены (стафилококк), IgE
Аллергология. Immulite. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)
Аллергология. Immulite. Панели аллергенов, скрининг (результат СУММАРНЫЙ)
Аллергены деревьев, IgE (панель)
Аллергены животных и птиц, IgE (панель)
Аллергены трав, IgE (панель)
Ингаляционные аллергены, IgE (панель)
Пищевые аллергены, IgE (панель)
Аллергология. Immulite. Панели пищевых аллергенов IgG (результат СУММАРНЫЙ)
Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE
Аллергология. RIDA. Комплексы аллергенов, IgE (результат по каждому аллргену)
Аллергология. Местные анестетики, IgE
Биохимические исследования крови
Электролиты и микроэлементы
Биохимические исследования мочи
Витамины, аминокислоты, жирные кислоты
Генетические исследования
Исследование генетических полиморфизмов методом пиросеквенирования
Исследование генетических полиморфизмов методом ПЦР
Молекулярно-генетический анализ мужского бесплодия
Гистологические исследования
Гистологические исследования лаборатории UNIM
Гормоны биологических жидкостей
Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы
Гормоны гипофиза и гипофизарно-адреналовой системы
Ренин-альдостероновая система
Функция органов пищеварения
Функция щитовидной железы
Андрофлор, иследование биоценоза (муж)
Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)
Вирус простого герпеса I, II типа
ВПЧ (вирус папилломы человека)
Стрептококки (вкл. S.agalactie)
Урогенитальные инфекции, ИППП
Урогенитальные инфекции, комплексные исследования
Урогенитальные инфекции, условные патогены
Фемофлор, исследование биоценоза (жен)
Флороценоз, иследование биоценоза (жен)
Диагностика методом ПЦР, кал
Диагностика методом ПЦР, клещ
Диагностика методом ПЦР, кровь.
Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)
Вирус простого герпеса I, II типа
Иммуногистохимические исследования
Иммунологические исследования
Иммунограмма (клеточный иммунитет)
Интерфероновый статус, базовое исследование
Интерфероновый статус, чувствительность к препаратам
Оценка гуморального иммунитета
Специальные иммунологические исследования
Исследование мочевого камня
Исследование парапротеинов. Скрининг и иммунофиксация
Маркеры аутоиммунных заболеваний
Антифосфолипидный синдром (АФС)
Аутоиммунные заболевания легких и сердца
Аутоиммунные неврологические заболевания
Аутоиммунные поражения ЖКТ и целиакия
Аутоиммунные поражения печени
Аутоиммунные поражения почек и васкулиты
Аутоиммунные эндокринопатии и бесплодие
Системные ревматические заболевания
Микробиологические исследования (посевы)
Посев крови на стерильность
Посев на гемофильную палочку
Посев на грибы (возбудители микозов кожи и ногтей)
Посев на микоплазмы и уреаплазмы
Посев на пиогенный стрептококк
Посевы на микрофлору (конъюнктива)
Посевы на микрофлору (отделяемое)
Посевы на микрофлору (урогенитальный тракт женщины)
Посевы на микрофлору (урогенитальный тракт мужчины)
Посевы на микрофлору ЛОР-органы)
Ускоренные посевы с расширенной антибиотикограммой
Неинвазивная диагностика болезней печени
Программы неинвазивной диагностики болезней печени
Неинвазивный пренатальный ДНК-тест (НИПТ)
Неинвазивный пренатальный тест (пол/резус плода)
Общеклинические исследования
Исследование назального секрета
Исследование секрета простаты
Микроскопическое исследование биологических жидкостей
Микроскопия на наличие патогенных грибов и паразитов
Микроскопия отделяемого урогенитального тракта
Иммунофенотипирование при лимфопролиферативных заболеваниях
Молекулярная диагностика миелопролиферативных заболеваний
Цитохимические исследования клеток крови и костного мозга
Пищевая непереносимость, IgG4
Полногеномные исследования и панели наследственных заболеваний
Серологические маркеры инфекций
Вирус Варицелла-Зостер (ветряной оспы)
Вирус эпидемического паротита
Вирусы простого герпеса I и II типа
Специализированные лабораторные исследования.
Тяжелые металлы и микроэлементы
Тяжелые металлы и микроэлементы в волосах
Тяжелые металлы и микроэлементы в крови
Тяжелые металлы и микроэлементы в моче