Бактериологическое исследование при острых кишечных инфекциях

[09-134] Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

1920 руб.

Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.

Синонимы русские

ОКИ, ПЦР (кал).

Синонимы английские

Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.

Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.

Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев “бактериологически неподтвержденной дизентерии”, особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.

Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.

Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНКсодержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно.

Причины положительного результата:

присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).

Причины отрицательного результата:

отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.

Важные замечания

Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).

Также рекомендуется

Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]
anti-Shigella flexneri 1-5, anti-Shigella flexneri 6, anti-Shigella sonnei
Посев кала на патогенную флору (диз. группа и тифо-паратифозная группа)
Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам
Анализ кала на цисты простейших
Копрограмма
Общий анализ крови (без лейкоцитарной формулы и СОЭ)
Лейкоцитарная формула
Скорость оседания эритроцитов (СОЭ)

Кто назначает исследование?

Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.

Литература

Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.

Источник

Основным методом лабораторной диагностики кишечных инфекций является бактериологический, основанный на выделении чистой культуры возбудителя и ее идентификации. Для идентификации бактерий кишечной группы используют изучение их ферментативной активности и антигенной структуры.

Этапы бактериологического исследования

1 день. Посев исследуемых материалов на дифференциально-диагностические среды (Эндо, Плоскирева, Левина).

Для выделения гемокультуры сальмонелл производят посев крови на 10-20% желчный бульон или на среду Рапопорт. Соотношение крови и среды должно составлять 1:10. Инкубация 18-24 часа при температуре 37ºС

2 день. Просмотр и описание колоний. Микроскопия материала из колоний и окраска по Граму. Пересев материала из колоний на скошенный МПА, среду Ресселя для накопления чистой культуры. Со среды Рапопорт культуру пересевают на среду Эндо и Ресселя.

В случае диффузного помутнения и изменения цвета среды Рапопорта (она приобретает красный цвет) за счет ферментации глюкозы с образованием кислоты делают предварительный вывод о наличии возбудителей брюшного тифа; при наличии кроме этих признаков газообразования в поплавке – возбудителей паратифов.

Постановка ориентировочной реакции агглюцинации на стекле с материалом из отдельных колоний и смесью эшерихиозных сывороток, со смесью дизентерийных сывороток, со смесью сывороток против сальмонелл, содержащих антитела против наиболее распространенных сероваров возбудителей кишечных инфекций. При положительном результате проводят реакцию агглютинации с моновалентными агглютинирующими сыворотками на стекле.

3 день. Проверка чистоты выделенной культуры. Учет изменения цвета среды Ресселя. Постановка с чистыми культурами реакции агглютинации на стекле с поливалентными сыворотками, затем с видовыми и типовыми сыворотками. Постановка развернутой реакции агглютинации. Пересев культур на среды для определения ферментативной активности (среды Гисса).

4 день. Учет результатов реакции агглютинации.

Учет роста на средах Гисса.

Окончательный ответ о виде и сероваре дают на основании результатов реакции агглютинации и “пестрого” ряда.

Возбудители эшерихиозов ферментируют глюкозу и лактозу с образованием кислоты и газа, выделяют сероводород.

Шигеллы ферментируют углеводы с образованием кислоты. Возбудители сальмонеллезов не ферментируют лактозу и сахарозу, расщепляют глюкозу маннит и мальтозу с образованием кислоты и газа, не образуют индол и за небольшим исключением выделяют сероводород.

Дифференциально-диагностическая таблица кишечно-тифозной группы

Название бактерий	Углеводы					Индол	Подвижность	Экзотоксин
Название бактерий	Лактоза	Глюкоза	Мальтоза	Маннит	Сахароза	Индол	Подвижность	Экзотоксин
Кишечная палочка	кг	кг	кг	кг	кг или –	+		
Паратифозная В-палочка	–	кг	кг	кг	–	–	+	–
Паратифозная А-палочка	–	кг	кг	кг	–	–	+	–
Брюшнотифозная палочка	–	к	к	к	–	–	+	–
Дизентерийная палочка Григорьева-Шига	–	к	–	–	–	–	–	+
Дизентерийная палочка Флекснера	–	к	к или –	к или –	к или –		–	–
Дизентерийная палочка Зонне	к (2-10 суток)	к	к или –	к	к	–	–	–

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]

Источник

Бактериологическое исследование кала – метод определения количественного и качественного состава микрофлоры кишечника. Это самый простой и относительно недорогой способ, при помощи которого можно исследовать фекалии для выяснения причины некоторых заболеваний. Бактериологический посев делается для определения возбудителей кишечных инфекций или для оценки нормального биоценоза кишечника. Минусом является срок выполнения исследования – до 6 дней.

Кому назначается анализ

Необходимость проведения данного анализа определяет лечащий врач и выписывает направление в лабораторию.

Взятие кала на бактериологическое исследование показано взрослым и детям в следующих случаях:

длительно протекающие кишечные расстройства (поносы, запоры, метеоризм, боли в животе);
подозрение на дисбиоз кишечника во время антибиотикотерапии;
при пищевых отравлениях;
при острых кишечных инфекциях;
пациентам с иммунодефицитными состояниями.

Как подготовиться

Для получения достоверного результата важно соблюдать правила подготовки:

за сутки до обследования отменить следующие препараты: противодиарейные (Смекта, Лоперамид); антибиотики и сульфаниламиды (Фуразолидон, Нифуроксазид); противоглистные (Декарис, Альбендазол, Мебендазол); слабительные (Дюфалак, Бисакодил); нестероидные противовоспалительные препараты (Диклофенак, Нурофен, Нимесулид);
не делать очищающие и лечебные клизмы;
не брать материал при кровотечении из кишечника.

Собирать фекалии для анализа нужно до начала антибиотикотерапии или через 14 дней после прекращения приема медикаментов.

Если пациент во время подготовки к обследованию принимал какие-либо медикаменты, он обязан сообщить об этом своему врачу.

Процесс сдачи

Техника забора кала на бактериологическое исследование не представляет сложностей и осуществляется в домашних условиях после самопроизвольной дефекации:

Необходимо подготовить сухую стерильную емкость, куда будет помещен кал.
Перед забором материала нужно помочиться для предотвращения попадания мочи в каловые массы.
Обязательно провести туалет промежности и анального отверстия.
С помощью специальной ложки или стерильного шпателя следует собрать из разных делянок испражнений (изнутри и с боков) необходимое количество образца (минимум 5 г, но не больше 1/3 объема баночки).
Затем собранные фекалии нужно поместить в емкость и герметично закрыть крышкой.

Материал для бактериологического исследования кала можно хранить не дольше 2-х часов в холодильнике. Желательно доставить его в клиническую лабораторию для выполнения обследования в течение 40 минут. При несоблюдении условий взятия, транспортировки и хранения материала возможен рост условно-патогенных микроорганизмов в образце, что отразится на достоверности результата.

Расшифровка результатов

Биоценоз кишечника разделяют на 2 группы:

облигатнаямикрофлора (Bifidobacterium, Lactobacillus, E. coli);
факультативнаямикрофлора (Streptococcus, Clostridium, Staphylococcus, грибы Candida).

Облигатная флора – постоянные обитатели кишечника, способствующие нормальной его работе, препятствуют размножению условно-патогенных и патогенных микробов. Факультативная – составляет до 4% микробиоты, является условно-патогенной. Патогенные бактерии (сальмонеллы, шигеллы), которые попадают в организм извне, являются причиной серьезных инфекционных болезней.

Для расшифровки результатов бактериологического посева кала важно знать нормы показателей кишечной микробиоты. Также следует помнить, что ее состав зависит от возраста пациентов.

Бифидобактерии – самая многочисленная составляющая кишечной флоры (90-98%). Они основные «защитники» организма:

стимулируют иммунитет;
препятствуют размножению патогенных микробов;
вырабатывают витамины (В и К).

Нормальные показатели: 108 -1011 КОЕ/г.

Лактобактерии поддерживают нормальный pH кишечника, вырабатывают вещества, направленные на борьбу с патогенами. В фекалиях они содержатся количестве 106-108 КОЕ/г.

E. coli (кишечная палочка) участвует в расщеплении сахаров, помогает в выработке витаминов группы В, участвует в стимуляции иммунитета, вырабатывает антибиотикоподобные субстанции.

Количество типичной кишечной палочки колеблется в пределах 107-108 КОЕ/г. Гемолитические E. coli в норме отсутствуют.

Бактероиды – анаэробные бактерии. Присутствуют в количестве 107-1011 КОЕ/г.

Количество микроорганизмов облигатной флоры снижается при:

несбалансированном питании;
приеме антибактериальных препаратов;
инфекционных болезнях;
хронических энтероколитах;
иммунодефиците.

Представители факультативной микрофлоры создают благоприятные условия для сахаролитических бактерий, активизируют иммунную систему. Однако их количество в здоровом организме ограничено, потому что при активном росте они способствуют возникновению ряда заболеваний.

Количественные показатели основных представителей этой части биоценоза (Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus epidermidis, Klebsiella, Proteus, Morganella, род Acinetobacter, род Pseudomonas, грибы Candida, клостридии) не должны превышать 104 КОЕ/г. Исключение составляют энтерококки, фузобактерии, пептострептококки. В норме их может быть до 108-109 КОЕ/г.

Staphylococcus aureus (золотистый стафилококк) – должен отсутствовать в образцах кала.

К патогенным микроорганизмам относят шигеллы и сальмонеллы – в кишечнике не должно быть патогенной флоры.

Сальмонелла – вызывает острую токсикоинфекцию. Заражение происходит, если съесть мясо или яйца, которые не прошли должную термическую обработку, или выпить зараженную воду.

Шигелла – является причиной дизентерии. Пути заражения:

через грязную воду;
продукты (молоко, овощи);
контакт с заболевшими и зараженными предметами обихода.

Оценку результатов бактериологического исследования кала обязательно должен проводить врач.

Источник

Подготовка к исследованию

1. Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов. 2. Исследование с целью контроля проведенного лечения – не ранее, чем через 10-14 дней после отмены антибактериальных препаратов, по назначению врача. 3. За 72 часа до сбора кала исключить прием слабительных препаратов, прием медикаментов с содержанием железа и висмута, введение ректальных свечей, масел, прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.), и препаратов, влияющих на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий). 4. Для исследования собирают только свежевыделенный кал. Материал доставляется в медицинский офис в течении 3-х часов с момента сбора. 5. Кал, полученный после клизмы, а также после приема бария (при рентгенологическом обследовании), для исследования непригоден. 6. Женщинам не рекомендуется собирать кал во время месячных.

Описание

Острые кишечные инфекции – группа инфекционных заболеваний, протекающих с нарушением функций желудочно-кишечного тракта, развитием диареи, обезвоживанием, интоксикацией.

Возбудителями острых кишечных инфекций являются многочисленные виды бактерий (шигеллы – возбудители дизентерии, сальмонеллы, кишечная палочка, стафилококки, иерсинии, энтерококки, а также условно патогенные микроорганизмы – протей, клебсиелла, грибы рода Candida) и вирусы. Данные микроорганизмы способны сохранять свою активность длительное время, в том числе на предметах обихода, руках.

Путь передачи инфекции – фекально-оральный и контактно-бытовой. Источник инфекции – больной человек как с ярко выраженными симптомами, так и со стертой формой кишечной инфекции, а также носитель.

Инфицированный человек способен к заражению других людей от момента появления первых симптомов болезни и весь период их проявления. При вирусной природе инфекции – до 2-х недель после выздоровления. Инкубационный период занимает от 6 часов до 2-х суток.

Основные клинические проявления острых кишечных инфекций: боли в животе, тошнота, рвота, повышение температуры тела, жидкий стул, слабость. При вирусной природе инфицирования, расстройство стула проходит на фоне повышенной температуры тела, катаральных явлений (кашель, насморк), конъюнктивита. У детей в этом случае течение выражено более остро. Тяжесть состояния обусловлена быстрым обезвоживанием и выведением солей из организма.

На данное исследование скидки не предоставляются (см. Положение о скидках)

Показания к назначению

дифференциальная диагностика кишечной инфекции;

оценка эффективности проведенной терапии.

Причины отклонения показателей от нормы (повышенные значения)

выделение представителей патогенной флоры свидетельствует об этиологическом факторе выделенного возбудителя в клинической картине. Определение чувствительности к антибактериальным препаратам осуществляется врачом микробиологом и регламентируется методическими указанями. R-возбудитель устойчив S возбудитель чувствителен I- возбудитель умеренно устойчив к антибактериальному препарату.Выявление условно-патогенной флоры и ее значимость в развитии заболевания зависит от количества выделенного возбудителя для данной локализации

Причины отклонения показателей от нормы (сниженные значения)

отсутствие патогенной флоры -норма. Присутствие условно- патогенной флоры в количестве не превышающем диагностического значения-норма для данной локализации

Метод:

Иммунохроматографический; Культуральное исследование;

Анализатор:

Бактериологический анализатор Adagio, Bio-Rad Laboratories, США; Система автоматизации микробиологического посева Previ Isola, bioMerieux, Франция; Бактериологический автоматический анализатор VITEK 2, bioMerieux, Франция; Система идентификации микроорганизмов методом масс-спектрометрии VITEK MS, bioMerieux, Франция; Автоматизированная система для окрашиванию по Граму PREVI Color Gram, bioMerieux, Франция;

Источник