Митохондрии в кишечной палочке
Американские биологи заставили кишечную палочку поселиться внутри клеток дрожжей и выполнять функции сломанных митохондрий. Результаты эксперимента, который имитирует ранние этапы эволюции митохондрий, описаны в статье, опубликованной в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Митохондрия — важнейшая органелла клеток человека, а заодно и практически всех других эукариотических организмов, главная энергетическая станция клетки. На ней углеводы окисляются под воздействием кислорода, а выделившаяся при этом энергия запасается впрок. Из цитоплазмы туда поступают «разряженные» клеточные «батарейки» — молекулы АДФ. Там они «заряжаются», превращаясь в молекулы АТФ, покидают митохондрию и используются дальше на нужды клетки.
Еще в начале XX века ученые заметили, что митохондрии (и хлоропласты растений) удивительно похожи на бактерий, а в 1970-х годах Линн Маргулис и ее последователи свели сведения об этом в теорию эндосимбиоза. Согласно ей, все митохондрии были раньше свободноживущими бактериями, способными очень эффективно перерабатывать углеводы при помощи кислорода, а потом попали внутрь предковой эукариотической клетки. По каким-то причинам они не были переварены, как это обычно происходит, а остались целы. Клетка-хозяин предоставила им укрытие, стала снабжать разными необходимыми веществами, а симбионты, в свою очередь, стали снабжать клетку энергией.
С того момента бывшая свободноживущая бактерия сильно видоизменилась и настолько приспособилась к жизни внутри клетки, что теперь считается ее частью. Например, в митохондриях осталась лишь короткая ДНК с самым базовым набором генов, тогда как большая их часть исчезла за ненадобностью или переехала жить в ядерный геном. Поскольку симбиоз случился довольно давно — больше полутора миллиардов лет назад, — разобраться в ранних этапах со-настройки предков эукариот и их митохондрий времена довольно сложно. В основном это делается при помощи реконструкции на основе современных митохондрий.
Ангад Мехта (Angad Mehta) из Института Скриппс и его коллеги из нескольких калифорнийских институтов подошли к решению этого вопроса с неожиданной стороны. Они предложили создать для исследований синтетическую модель свежего эндосимбиоза бактерий и эукариот, «подружив» два современных свободноживущих организма: дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) и кишечную палочку (Escherichia coli). Для получения корректной и жизнеспособной модели оказалось необходимым правильно подготовить встречу потенциальных симбионтов.
Для начала клетки дрожжей «заинтересовали» в симбиозе. Поскольку у современных эукариот уже есть митохондрии, исследователи попытались их «отключить». Для эксперимента сперва взяли клетки дрожжей, у которых вообще не было митохондриальной ДНК. Поскольку в ней закодировано все самое нужное для работы митохондрий, то такие клетки жили очень плохо и только на специальной питательной среде, не требующей переработки углеводов митохондриями. Кроме этого, ученые взяли дрожжи, в которых митохондрии были покалечены чуть меньше — в них испортили всего один, но важный ген cox2.
В пару к дрожжам была подобран симбионт — такой, в присутствие которого которого эти поломки бы компенсировались. Кишечная палочка Esherichia coli — модельная бактерия в биологии — относительно близкий родственник предков митохондрий. Тем не менее, ее тоже пришлось адаптировать чтобы научить дорожить дружбой с дрожжами. Во-первых, ей сломали путь биосинтеза тиамина (он же витамин B1). Теперь она могла расти только в среде, в которой он есть, например с дрожжами. Во-вторых, её заставили делиться энергией с потенциальным хозяином. В качестве аккумуляторов энергии клетки используют АТФ, и в нормальных эукариотических клетках в мембрану митохондрии встроен транспортер, который позволяет АТФ проходить из митохондрии в цитоплазму, а молекулам АДФ («разряженный аккумулятор») обратно. У кишечной палочки такого транспортера не предусмотрено, и поэтому его пришлось вставить его из другой бактерии. Помимо того, кишечной палочке добавили ген зеленого флуоресцентного белка чтобы бактерию было легко различить с помощью микроскопии.
После того, как организмы были подготовлены ко встрече друг с другом, их посадили вместе, и дальше, чтобы отобрать варианты с удачным симбиозом, начали растить на среде, для переработки которой дрожжам бы понадобилась помощь кишечных палочек. Оказалось, что дрожжи без митохондриальной ДНК не выживают в таких условиях, а дрожжи с выключенным cox2 геном образуют очень маленькое число колоний. По идее, эти колонии могли выжить за счет бактерий, которые их окружали, и не формировать эндосимбиоз. Чтобы учесть такой вариант, исследователи пересадили эти колонии на среду, в которой не могут расти отдельно ни дрожжи, ни кишечные палочки (без тиамина и без альтернативных источников энергии). Оказалось, что в таких условиях не выжил никто.
Чтобы еще больше увеличить вероятность удачного симбиоза, исследователи решили повлиять на способность бактерий не перевариваться внутри дрожжей. У патогенных бактерий есть для этой цели специальные SNARE-подобные белки. Они помогают манипулировать везикулярным транспортом хозяина и избежать попадания в лизосому — «желудок клетки». Кишечную палочку, которая к этому моменту уже синтезировали флуоресцентный белок и светилась зеленым светом, не росла без тиамина и могла выпускать АТФ наружу клетки, исследователи наделили вдобавок SNARE-подобными генами из патогенной хламидии, и повторили эксперимент еще раз. На этот раз было обнаружено много химерных организмов из дрожжевой клетки с бактериями внутри, которые поддерживались на протяжении нескольких поколений. Чтобы полностью исключить возможность внешнего симбиоза, исследователи добавили в среду антибиотик, но и в этом случае колонии химер не исчезали даже после нескольких раундов пересаживания со среды на среду.
Авторы статьи считают, что подобная синтетическая модель эндосимбиоза позволит лучше разобраться в том, как происходила коэволюция митохондрии и эукариотической клетки, в том числе — как уменьшался бактериальный геном (свободноживущая бактерия обычно имеет несколько тысяч разных генов, тогда как в геноме митохондрии их не больше ста). Например, они попробовали убрать из него еще один важный ген и оказалось, что химеры с такими кишечными палочками тоже вполне жизнеспособны.
Вера Мухина
Источник
Общепринятая на данный момент теория симбиогенеза предполагает, что митохондрии в эукариотических клетках произошли от симбиотических бактерий. Однако поиски предковой бактерии и реконструкция событий симбиогенеза еще далеки от завершения. Авторы новой статьи в журнале PNAS подошли к проблеме с другого конца: они смоделировали симбиогенез на примере хорошо изученной бактерии (Escherichia coli) и хорошо изученной эукариотической клетки (Saccharomyces cerevisiae). Теперь у нас есть отработанная методика получения химерных клеток, с помощью которой можно проверять, какие именно свойства предковой бактерии были необходимы для симбиогенеза.
Теория симбиогенеза была предложена в 1967 году. Согласно ей, археи и протеобактерии вступили в эндосимбиоз (первые тем или иным способом «поглотили» вторых), что привело к возникновению эукариот (см.: Теория симбиогенеза 50 лет спустя: параллельной эукариотизации, скорее всего, не было, «Элементы», 22.11.2017). За 50 лет удалось уточнить разные детали: судя по всему, эндосимбиоз с предками митохондрий произошел только один раз, а не в нескольких параллельных ветвях, и это стало конечным этапом в становлении эукариот (см.: Генеалогия белков свидетельствует о позднем приобретении митохондрий предками эукариот, «Элементы», 08.02.2016). Однако вопросов всё еще остается немало: например, что это была за предковая бактерия? Одна из распространенных точек зрения заключается в том, что изначально бактерии паразитировали на клетках архей, а потом паразитизм перешел в симбиоз. В таком случае, ближайшие родственники такой бактерии, известные нам, — это альфапротеобактерии риккетсии, внутриклеточные паразиты многих животных и человека (вызывают, например, эпидемический сыпной тиф и пятнистую лихорадку Скалистых гор).
Можно продолжать поиск родственников «с конца», то есть сравнивать геномы современных митохондрий с геномами различных бактерий и искать пересечения, а можно зайти «с начала» и попробовать воспроизвести эту предковую бактерию самим. Для этого нужно определить минимальный набор свойств, которыми она должна обладать для успешного внедрения внутрь археи. Заодно такой метод мог бы пролить свет на последовательность событий симбиогенеза. Но коль скоро мы не умеем создавать бактерии с нуля, можно модифицировать самую изученную бактерию на свете — кишечную палочку (Escherichia coli).
Общий принцип, которым руководствовались авторы эксперимента, можно сформулировать так: чтобы заставить две клетки вступить в симбиоз, нужно отобрать у них что-то жизненно важное, тогда их существование по отдельности станет невозможно (рис. 2).
Всю работу можно условно разделить на пять шагов.
Шаг 1 — лишить кишечную палочку самодостаточности. Чтобы эндосимбиоз оказался выгодным решением для бактерии, она должна стать ауксотрофом — быть неспособной производить какое-нибудь жизненно необходимое вещество. Для многих бактерий таким веществом является тиамин (витамин B1) — кофермент в реакциях углеводного обмена. Поэтому в геноме E. coli ген биосинтеза тиамина был заменен на кассету (см. Gene cassette) с GFP (зеленым флуоресцентным белком) и геном устойчивости к антибиотику канамицину. Теперь клетки не могут выживать без внешнего источника тиамина (который они сквозь мембрану закачивают внутрь), их можно отобрать под действием антибиотика и отследить во флуоресцентный микроскоп.
Шаг 2 — сделать кишечную палочку полезной. Авторы гипотезы происхождения митохондрии из внутриклеточных паразитов полагают, что одним из ключевых белков был АТФ/АДФ-антипортер (см. Antiporter). Это белок-переносчик, который обменивает АТФ на АДФ, меняя их местами по разные стороны мембраны. У паразитической бактерии он должен работать на благо бактерии: захватывать АТФ снаружи (то есть отбирать у клетки-хозяина) и менять на отработанные АДФ бактерии. Однако этот механизм можно заставить работать и в обратную сторону, если концентрации веществ поменяются местами. При этом бактерия начнет забирать АДФ из цитоплазмы хозяина и отдавать АТФ. Так или иначе, АДФ/АТФ-антипортеры есть как у современных митохондрий, так и у внутриклеточных паразитов. У свободно живущей кишечной палочки такого белка нет, поэтому пришлось снабдить клетки E. coli плазмидой с соответствующим геном.
Шаг 3 — лишить дрожжи самодостаточности. Чтобы заставить дрожжи вступить в симбиоз, их нужно лишить энергии, то есть АТФ. Тогда единственным выходом будет получить его от кишечной палочки. Но у дрожжей, как у почти всех эукариот, есть свои митохондрии. Поэтому авторы эксперимента взяли мутантный штамм дрожжей, лишенный одного из ключевых митохондриальных генов. Такие клетки содержат митохондрии, но не получают от них энергии. Они не могут расти в среде, где из питательных веществ есть только глицерин. Однако оказалось, что и в симбиоз с E. coli они тоже не вступают.
Шаг 4 — добавить «белки слияния». Эукариотическая клетка — это множество вложенных друг в друга мембранных пузырьков. Чтобы органеллы хаотично не сливались друг с другом, мембраны покрыты белками группы SNARЕ, которые могут стимулировать или блокировать слияние. Многие патогенные бактерии тоже несут SNARE-подобные белки. Клетка-хозяин воспринимает их как собственные органеллы и не переваривает (то есть с ними не сливаются лизосомы). Правда, мы пока не уверены в том, что к моменту эндосимбиоза эукариоты уже обладали системой этих белков. Но коль скоро мы работаем с дрожжами, приходится на нее ориентироваться. Авторы эксперимента ввели кишечной палочке гены трех разных SNARE-подобных белков, позаимствованных у хламидий. И только после этого они получили устойчивые колонии дрожжей с симбиотическими E. coli (рис. 3). Колонии росли на среде, богатой глицерином, лишенной тиамина и с добавлением антибиотика канамицина, — то есть удовлетворяли всем условиям эксперимента. В том же составе химерные клетки размножались в течение последующих трех дней культивирования, что соответствует примерно 40 делениям.
Шаг 5 — убрать лишнее. В ходе эволюции митохондрия утратила большую часть ДНК (у млекопитающих, например, в ее геноме осталось лишь 37 генов). Это значит, что она становилась всё более зависимой от своей клетки-хозяина. Авторы обсуждаемой статьи попробовали воспроизвести и этот этап тоже. Для этого они удалили у клеток кишечной палочки ген биосинтеза НАД+ — еще одного важного кофермента. Клетки, лишенные НАД+, так же как и их предшественники, лишенные тиамина, успешно образовывали химеры с дрожжами. И даже двойные мутанты, неспособные производить ни один из этих коферментов, также вступали в эндосимбиоз (рис. 4).
Перед нами — отработанная методика, с помощью которой можно моделировать ранние события эндосимбиоза. Клетки кишечной палочки, дефицитные по разным веществам, равно хорошо образуют химеры, которые воспроизводятся из поколения в поколение. Следующий шаг — поиск предельной редукции генома E. coli, возможной в данной ситуации. Авторы статьи отмечают, что удаление всего двух путей биосинтеза уже дало экономию в 7,7 тысяч пар нуклеотидов (для сравнения, весь митохондриальный геном человека составляет примерно 15 тысяч пар). Поэтому нам еще предстоит найти ту грань, на которой экономия размера генома столкнется с возможностью выживания клетки-симбионта.
Кроме того, как ехидно указывают авторы в конце текста, при таком раскладе не очень понятно, кто в этой истории настоящий паразит. Если бактерия, попавшая внутрь археи, лишь постепенно утрачивала свои метаболические пути, то возможно настоящим паразитом здесь стоит считать архею, которая потребляла энергию, производимую бактерией.
Источник: A. P. Mehta, L. Supekova, J.-H. Chen, K. Pestonjamasp, P. Webster, Y. Ko, S. C. Henderson, G. McDermott, F. Supeke, P. G. Schultz. Engineering yeast endosymbionts as a step toward the evolution of mitochondria // PNAS. Published ahead of print October 29, 2018. DOI: 10.1073/pnas.1813143115.
Полина Лосева
Источник
Загадочные соседи в клетках
У каждой живой клетки есть собственный набор органов, они называются органеллами. Ядро хранит генетический материал. Рибосомы отвечают за синтез новых белков. Комплекс Гольджи обеспечивает накопление и транспортировку разных веществ. Самые загадочные в отношении происхождения органеллы — митохондрии, «клеточные электростанции», которые отвечают за выработку энергии.
Митохондрия представляет собой круглый или овальный «мешочек», внутренняя стенка которого покрыта многочисленными складками. В них происходят процессы окисления, в результате которых и вырабатывается энергия.
Уникальны митохондрии тем, что имеют собственный генетический аппарат — митохондриальную ДНК. Она никак не связана с хромосомами. Получается, каждая митохондрия — как бы отдельная бактерия, которая тем не менее неразрывно связана с клеткой хозяина, является его незаменимой частью и не может никуда «убежать».
Ученые подтверждают, что очень давно митохондрии действительно были самостоятельными микроорганизмами. Но 1,45 миллиарда лет назад их поглотили другие клетки. Получился симбиоз. Тем не менее собственные гены митохондрии сохранили.
Неродной орган, от которого зависит жизнь
От «родных» органов человека микрофлора кишечника отличается кардинально: у нее нет постоянного состава, ее нельзя увидеть и потрогать, она состоит из безъядерных бактериальных клеток, каждая из которых обладает собственным геномом, не имеющим ничего общего с хромосомами человеческой ДНК.
Строго говоря, представители кишечной микрофлоры – чужаки в нашем организме. Но без них нельзя. Бактерии помогают переваривать пищу, синтезировать некоторые витамины, держат в тонусе иммунитет, не пускают в кишечник болезнетворных собратьев.
Кстати, бактерий в организме примерно в 100 раз больше, чем собственных клеток. Своя микрофлора есть не только в кишке, но и на коже, во рту, в дыхательных путях, в половых органах. В каком-то смысле, большая часть человека (по количеству клеток) состоит из примитивных микроорганизмов.
Враждебные для иммунитета ткани
Некоторые ткани в организме по всем параметрам «свои», но иммунитет распознает их как «чужаков» и при встрече немедленно атакует. Речь идет не об аутоиммуных болезнях. Есть ткани, которые с рождения, в норме, являются «чужеродными», поэтому они отгорожены от кровеносных сосудов специальными барьерами.
Например, уникальные антигены, которые для иммунитета все равно что красная тряпка для быка, есть у сперматозоидов, поэтому семенные канальцы отгорожены от сосудов слоем особых клеток.
В результате травм мошонки и хирургических вмешательств барьер может быть поврежден, сперма проконтактирует с кровью, и антитела начнут штурм. Атакованные сперматозоиды утратят подвижность или не смогут оплодотворять яйцеклетку. Мужчина станет бесплодным.
Фантом неродившегося близнеца
В 2002 году американка Лидия Фэйрчайлд, ставшая матерью в третий раз, обратилась за государственной помощью, так как была в разводе.
Анализ ДНК показал, что биологический отец всех троих детей – бывший муж женщины, Джейми Таунсенд, но Лидия их биологической матерью не является. Вместо материальной помощи шокированная женщина получила подозрение в мошенничестве и тяжелое судебное разбирательство.
Адвокат Лидии, Алан Тинделл, решил во что бы то ни стало разобраться в запутанном деле.
Однажды он наткнулся на научную статью, в которой был описан аналогичный случай. Когда другой женщине, Карен Киган, потребовалась пересадка почки, и врачи провели генетические исследования, также оказалось, что Карен – не мать своих детей. Позже выяснилось, что в разных клетках организма женщины есть две разных ДНК. Одна из них соответствует ДНК детей, другая – нет.
Такое явление называется химеризмом. Оно встречается у разных живых существ, у людей описано всего 30 случаев. Химеризм возникает, когда изначально есть две оплодотворенные яйцеклетки с разными наборами генов, но они превращаются в один зародыш. Внутри такого человека «живет» его незримый брат-близнец в виде ДНК, которую можно обнаружить в некоторых клетках.
Чужая ДНК в головном мозге
В 2012 году ученые заявили, что в клетках головного мозга женщин порой можно обнаружить мужскую ДНК. Неужели пресловутая телегония все-таки существует, да еще и смогла пробраться в святая святых организма – центральную нервную систему?
Нет, исследователи считают, что женщина получает ДНК во время беременности от ребенка. Такое явление было названо микрохимеризмом.
Как долго гены ребенка могут сохраняться в мозге матери? Видимо, всю жизнь. Самая старая женщина, у которой во время вскрытия была обнаружена мужская ДНК, умерла в 94 года.
Что делают гены сыновей в нервных клетках матери? У исследователей пока нет ответа. Но подобные случаи микрохимеризма встречаются и в других тканях. Иногда они повышают риск рака и аутоиммунных заболеваний.
Призраки древних вирусов в геноме
Вирусы – неполноценные организмы. У них есть генетический материал и белок, но воспроизводить себе подобных без посторонней помощи они не могут.
Когда вирус проникает в клетки человека, он встраивает свою ДНК в геном и фактически превращает тело хозяина в завод по производству новых вирусных клеток.
Даже после выздоровления вирусные гены могут «застрять» в хромосоме. В этом случае они будут копироваться при каждом делении клетки и перейдут к потомкам. Встроившаяся в человеческий геном ДНК вируса перестает выполнять какие-либо функции и превращается в бессмысленный мусор.
Сколько такого «мусора» носит в своем теле каждый из нас? В марте 2016 года ученые исследовали геномы 2500 человек. В них были обнаружены остатки 36 вирусов, причем, с 19 из них не встречался ни один современный врач. Эти остатки ДНК, видимо, принадлежат древним вирусам, с которыми сталкивались далекие предки. Из 19 вирусных ДНК 18 оказались сильно повреждены мутациями. Одна сохранилась очень хорошо – видимо, человечество получило ее относительно недавно. Если бы этот ген активировался, потенциально вирус мог бы «проснуться» и вызвать болезнь.
Ученые не считают, что такой сценарий реален – организм заставляет вирусные гены «молчать». И все же осознавать, что вы, возможно, носите в себе «призраки» древних опасных, инфекций – жутковато, не правда ли?
Обнаружили ошибку? Выделите ее и нажмите Ctrl+Enter.
Источник