Обследование на кишечные вирусы

[09-134]
Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

1920 руб.

Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.

Синонимы русские

ОКИ, ПЦР (кал).

Синонимы английские

Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.

Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.

Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев “бактериологически неподтвержденной дизентерии”, особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.

Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.

Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНКсодержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно.

Причины положительного результата:

присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).

Причины отрицательного результата:

отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.

Важные замечания

Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).

Также рекомендуется

Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]
anti-Shigella flexneri 1-5, anti-Shigella flexneri 6, anti-Shigella sonnei
Посев кала на патогенную флору (диз. группа и тифо-паратифозная группа)
Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам
Анализ кала на цисты простейших
Копрограмма
Общий анализ крови (без лейкоцитарной формулы и СОЭ)
Лейкоцитарная формула
Скорость оседания эритроцитов (СОЭ)

Кто назначает исследование?

Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.

Литература

Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.

Источник

ГЛАВНЫЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ САНИТАРНЫЙ ВРАЧ

по Республике Калмыкия

ПОСТАНОВЛЕНИЕ

от 16 января 2013 г. № 01 г. Элиста

Об обследованиях на кишечные вирусы

при проведении предварительных и

периодических медицинских осмотров

Я, Главный Государственный санитарный врач по Республике Калмыкия К. Б. Яшкулов, проанализировав материалы по эпидемиологической ситуации заболеваемости острыми кишечными инфекциями (ОКИ), установил, что в республике наблюдается тенденция к росту заболеваемости острыми кишечными инфекциями (ОКИ), со средним ежегодным приростом в 1 – 1,5 раза.

В Республике Калмыкия в последние годы наблюдается рост показателей заболеваемости ОКИ, вызванных установленными вирусными возбудителями, в основном ротавирусной инфекцией, уровни заболеваемости которой за период 2001-2012 гг. выросли в 29 раз, а за 2012г. в сравнении 2011г. в 1,1 раза. Удельный вес ротавирусной инфекции в структуре ОКИ увеличился с нулевой заболеваемости до 1,9 %. Наиболее поражаемым контингентом при данной инфекции являются дети до 14 лет, составляющие около 90% в структуре патологии. Эпидемическим сезоном для группы гастроэнтеритов вирусной этиологии является холодный период года. Увеличение в холодное время года частоты ОКИ (зимняя диарея), протекающих с клиническими проявлениями острого респираторного заболевания (раньше ошибочно диагностировавшегося как грипп с абдоминальным синдромом), может свидетельствовать о распространении ротавирусного гастроэнтерита и требует проведения адекватных профилактических и противоэпидемических мероприятий.

Анализ еженедельной заболеваемости ОКИ в республике по первоначальному диагнозу в 2012г. в сравнении средним многолетним уровнем заболеваемости выявил устойчивую тенденцию к ее росту, на фоне которого зарегистрировано 5 очагов групповой заболеваемости, в которых 60% случаях возбудителем инфекции являлся ротавирус.

Так, при установлении причин и условий возникновения групповой заболеваемости в МДОУ № 22» и МБОУ «СОШ №2» выявлено носительство аналогичных типов вирусов у повара дошкольного учреждения и 4 сотрудников школьной столовой.

В настоящее время при прохождении обязательных предварительных медицинских осмотров (обследований) отдельных профессий, производств и организаций, связанных непосредственно с процессом производства, приготовления, хранения, транспортировки и реализации пищевых продуктов, обучением и воспитанием детей и подростков при поступлении на работу проводится только микробиологическое обследование на носительство кишечных инфекций, без вирусологического обследования на кишечные вирусы.

С 1 января 2012 года введен в действие приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 12 апреля 2011 г. № 302 н «Об утверждении перечней вредных и ( или) опасных производственных факторов и работ, при выполнении которых проводятся обязательные предварительные и периодические медицинские осмотры (обследования), и порядка проведения обязательных предварительных и периодических медицинских осмотров (обследований) работников, занятых на тяжелых работах и на работах с вредными и ( или) опасными условиями труда», согласно приложению №2 « Перечень работ, при выполнении которых проводятся обязательные предварительные и периодические медицинские осмотры ( обследования) работников» к приказу работники указанные в пп.14-17, 19-21, 26 сдают материал на носительство возбудителей кишечных инфекций при поступлении на работу и в дальнейшем – по эпидпоказаниям. Данное обследование включает не только исследования на бактериальные кишечные инфекции, но и на вирусные кишечные инфекции – рота – и норовирусы.

На основании вышеизложенного, учитывая санитарно-эпидемиологическую обстановку, складывающуюся на территории Республики Калмыкия, в том числе рост заболеваемости острыми кишечными инфекциями, включая кишечные вирусные инфекции, в целях усиления мероприятий по предупреждению заболеваний, вызываемых возбудителями кишечных инфекций у населения Республики Калмыкия руководствуясь ст.ст. 34, 51 Федерального закона Российской Федерации от 30 марта 1999 года № 52-ФЗ «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», ст. 23 Федерального закона Российской Федерации от 02 января 2000 года № 29-ФЗ «О качестве и безопасности пищевых продуктов», приказ Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 12 апреля 2011 г. № 302 н «Об утверждении перечней вредных и (или) опасных производственных факторов и работ, при выполнении которых проводятся обязательные предварительные и периодические медицинские осмотры (обследования), и порядка проведения обязательных предварительных и периодических медицинских осмотров (обследований) работников, занятых на тяжелых работах и на работах с вредными и (или) опасными условиями труда», согласно приложению № 2 «Перечень работ, при выполнении которых проводятся обязательные предварительные и периодические медицинские осмотры (обследования) работников»

ПОСТАНОВЛЯЮ:

1. Обследовать на носительство кишечных вирусов работников пищевой промышленности, родильных домов (отделений), детских больниц (отделений), детских поликлиник, отделений патологии новорожденных, недоношенных, дошкольных образовательных организаций, домов ребенка, организаций для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей (лиц, их заменяющих), образовательных организаций интернатного типа, оздоровительных образовательных организаций, в том числе санаторного типа, социальных приютов и домов престарелых, детских и подростковых сезонных оздоровительных организаций, в т. ч. работников пищеблоков, а также пищеблоков образовательных организаций всех типов и видов при поступлении на работу и в дальнейшем по эпидпоказаниям в вирусологической лаборатории ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Калмыкия» или иные вирусологические лаборатории, аккредитованные в установленном порядке.

2. ФБУЗ « Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Калмыкия»:

2.1. Обеспечить готовность лабораторий к проведению исследований материалов от работников обозначенных предприятий и учреждений республики на носительство кишечных вирусов, к проведению этиологической расшифровки при возникновении эпидемических очагов в этих учреждениях.

2.2. Обеспечить проведение гигиенического обучения работников перечисленных предприятий и учреждений республики в установленном порядке с обязательным включением в программы подготовки вопросы профилактики острых кишечных инфекций вирусной этиологии.

Срок: при проведении гигиенической подготовки

3. Контроль за исполнением настоящего Постановления возложить на заместителя Главного государственного санитарного врача по Республике КалмыкияСанджиева Д. Н.

Главный Государственный санитарный врач

по Республике Калмыкия К. Б. Яшкулов

Источник

Комплексное молекулярно-генетическое исследование для выявления и дифференциации наиболее распространенных возбудителей острых кишечных инфекций (ОКИ) – ротавирусы группы А (Rotavirus), норовирусы 2 генотипа (Norovirus 2 генонотип), астровирусы (Astrovirus). Исследование позволяет выявить генетический материал (РНК) возбудителей в кале и установить этиологию заболевания. Данные патогены являются основной причиной наиболее тяжелого гастроэнтерита у детей грудного и раннего возраста, а также у взрослых.

Анализ качественный – по каждому виду инфекции выдается результат “обнаружено/не обнаружено”.

Синонимы русские

Скрининг на кишечные инфекции: ротавирус, норовирус, астровирус.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Метод исследования

ПЦР в режиме реального времени.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить (по согласованию с врачом) прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.), и препаратов, влияющих на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Ротавирусная инфекция – это острое вирусное заболевание, передающееся фекально-оральным путем. Его возбудителями являются РНКсодержащие ротавирусы (Rotavirus). Источник инфекции – больной человек.

Для ротавирусов характерна сезонность: чаще всего ими заражаются в холодное время года. Инкубационный период длится от 15 часов до нескольких суток, начало заболевания острое, с тошнотой, рвотой, диареей, иногда лихорадкой. Если болезнь не лечить, к ним могут добавиться обезвоживание и нарушение электролитного и кислотно-щелочного баланса. Хотя иногда ротавирусная инфекция протекает бессимптомно. После перенесенного заболевания иммунитет нестойкий, поэтому возможен рецидив.

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Норовирус (Norovirus) – это РНКсодержащий вирус, относящийся к семейству Caliciviridae и приводящий к возникновению желудочно-кишечной инфекции в форме острого гастроэнтерита. Норовирусы классифицируются на шесть геногрупп: GI – GVI. В соответствии со сложившейся номенклатурой, известно около 38 генотипов данных вирусов. Для человека наиболее патогенными являются норовирусы GI, GII, GIV. По современным литературным данным, самой распространенной геногруппой в инфицировании человека является геногруппа GII. Она содержит до 19 генотипов и генотипы GII.3, GII.6, GII.12 ассоциированы с передачей инфекции через продукты питания. Норовирусная инфекция является высококонтагиозным заболеванием и может протекать в виде единичных случаев, групповых случаев и вспышек. Данный возбудитель является причиной возникновения более 90% небактериальной природы и около 50 % всех случаев гастроэнтеритов. К инфекции восприимчивы люди всех возрастных групп, но чаще описываются случаи заболевания у детей школьного возраста и взрослых.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНКсодержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Астровирусная инфекция – это острое вирусное заболевание с фекально-оральным путем передачи. Его возбудителями являются РНКсодержащие астровирусы (Astrovirus). Пик заболеваемости приходится на холодное время года. Инкубационный период составляет 3-4 дня. Инфекция проявляется в виде острого гастроэнтерита (общее недомогание, головная боль, тошнота, диарея, небольшое повышение температуры, иногда рвота) и чаще развивается у детей (особенно в возрасте до 2 лет), однако может встречаться и у взрослых. Она напоминает ротовирусную инфекцию, однако протекает легче. Заболевание длится, как правило, не более 5 дней, специфического лечения не требует и заканчивается выздоровлением.

Нередко астровирусная инфекция протекает бессимптомно. Выделение вируса с калом происходит в течение 3 недель с момента заражения, поэтому выявление возбудителя методом ПЦР рекомендуется проводить именно в это время.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

Установление этиологического фактора острой кишечной инфекции;
дифференциальная диагностика причин острого гастроэнтерита;
дифференциальная диагностика причин острой диареи;
при симптомах вирусного гастроэнтерита (боли в животе, диарея, рвота, метеоризм, лихорадка);
одновременное или последовательное развитие ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
“обострение” симптоматики ОКИ у госпитализированного с этим диагнозом пациента (внутрибольничная инфекция);
по эпидемиологическим показаниям.

Что означают результаты?

Референсные значения: не обнаружено.

Rotavirus A

Norovirus 2 генотип

Astrovirus

Анализ результатов проводят с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР c детекцией в режиме “реального времени”.

“Обнаружено”:

инфекция вызвана соответствующим патогеном.

“Не обнаружено”:

отсутствие РНК возбудителя в исследуемом материале;
уровень РНК в исследуемом материале ниже пределов детекции метода.

Также рекомендуется

[09-134] Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigellaspp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

[09-101] Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]

[10-015] Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам

Кто назначает исследование?

Инфекционист, педиатр, гастроэнтеролог, эпидемиолог.

Источник