Пцр диагностика при кишечных инфекциях

Пцр диагностика при кишечных инфекциях thumbnail

[09-134]
Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

1920 руб.

Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.

Синонимы русские

ОКИ, ПЦР (кал).

Синонимы английские

Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Как правильно подготовиться к исследованию?

  • Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
  • Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.

Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.

Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев “бактериологически неподтвержденной дизентерии”, особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.

Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.

Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНКсодержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

  • Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
  • для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

  • При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
  • при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
  • при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно.

Причины положительного результата:

  • присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).

Причины отрицательного результата:

  • отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.



Важные замечания

  • Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
  • Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).

Также рекомендуется

  • Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]
  • anti-Shigella flexneri 1-5, anti-Shigella flexneri 6, anti-Shigella sonnei
  • Посев кала на патогенную флору (диз. группа и тифо-паратифозная группа)
  • Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам
  • Анализ кала на цисты простейших
  • Копрограмма
  • Общий анализ крови (без лейкоцитарной формулы и СОЭ)
  • Лейкоцитарная формула
  • Скорость оседания эритроцитов (СОЭ)

Кто назначает исследование?

Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.

Литература

  • Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
  • Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.

Источник

Рolymerase Сhain Reaction (PCR), иначе полимеразная цепная реакция (ПЦР) – это прогрессивный метод лабораторной диагностики инфекционных заболеваний обнаружения генетических патологий, выявления неопластических клеток в начальной стадии рака.

ПЦР относится к генно-молекулярным исследованиям, что обеспечивает высокую точность показателей, минимизирует риск ложноположительных результатов. Для анализа используется биологический материал – кровь, моча, мазок, экскременты, ликвор (спинномозговая жидкость).

Специфика исследования методом ПЦР

Анализ кала на ПЦР выявляет возбудителей инфекционных заболеваний и дифференцирует их разновидность на генно-молекулярном уровне. В ходе исследования оцениваются макромолекулы ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) бактерий, простейших паразитов, глистов или РНК (рибонуклеиновой кислоты) вирусов. Для идентификации достаточно небольшого фрагмента патогена, обнаруженного в экскрементах.

В задачи молекулярной диагностики входит:

  • обнаружение инфекционного агента;
  • идентификация разновидности микроорганизма (вирус, бактерия, простейший и т. д.);
  • дифференциация типа, рода, семейства и т. д.;
  • определение тактики лечения, в соответствии с диагностированным заболеванием.

Образец биоматериала помещают в реактор (амплификатор), добавляют реакционную смесь. При последовательной смене температурного режима разрываются водородные цепи дезоксирибонуклеиновой кислоты, образуются комплексы матрицы с праймерами – короткими генетическими фрагментами.

Реагенты достраивают матричную цепь и в ходе реакции амплификации формируют множественные копии возбудителя. При достаточном количестве копий амплификатор дает качественно-количественную оценку обнаруженному возбудителю.

Макромолекулы РНК и ДНК являются носителями уникальной информации, характерной для определенного вида, поэтому точность результатов ПЦР-диагностики максимально приближена к 100%.

Спектр инфекций, определяемых методом PCR по образцу кала

Полимеразную цепную реакцию используют для диагностики кишечных бактериальных и вирусных инфекций, различных видов гельминтозов, заражения организма простейшими паразитами.

Неполный перечень возбудителей и болезней, определяемых методом ПЦР

Бактерии
Helicobacter pyloriхеликобактер пилориязв желудка и двенадцатиперстной кишки, гастрит, дуоденит, рак желудка
Salmonella speciesсальмонелласальмонеллез
Campylobacteкампилобактериякампилобактериоз
Escherichia coliкишечная палочка (энтеротоксигенные штаммы)коли-инфекция
Shigellaшигелладизентерия
V. cholerae, Berхолерный вибрионхолера
Yersinia pseudotuberculosisиерсинияпсевдотуберкулез (кишечный иерсиниоз)
Вирусы
Rotavirusротавирусротавирусная инфекция
Adenovirusаденовирускишечный грипп
Astrovirusастровирусастровирусная инфекция, гастроэнтерит
Norovirusноровирусноровирусная инфекция
Гельминты и простейшие паразиты
Giardia lambliaлямблиилямблиоз
Enterobiusострицыэнтеробиоз
Ascaris lumbricoidesаскаридыаскаридоз
Trichocephalus trichiurusвласоглавтрихоцефалез
Opisthorchis felineus и Opisthorchis viverriniописторхи (печеночные сосальщики)описторхоз
Taenia soliumсвиной цепеньтениоз
Taenia saginataбычий цепеньтениаринхоз
Echinococcusэхинококкиэхинококкоз
Entamoeba histolyticaамеба дизентерийнаяамебиаз

В большинстве случаев, анализ ПЦР кала назначают для выявления кишечных вирусов, бактерии хеликобактер пилори, лямблий и дизентерийных амеб. Определение глистной инвазии, как правило, проводят посредством обычного исследования экскрементов на яйца глистов. Бактериальные инфекции диагностируют с помощью анализа на дизгруппу.

Во многих клиниках существует стандартный ПЦР-скрининг на кишечные инфекции, вызванные бактериями и вирусами. Профиль включает определение восьми возбудителей (сальмонелла, шигелла, кампилобактерия, кишечная палочка, ротавирус, аденовирус, астровирус, норовирус).

Медицинские специалисты

ПЦР используют для уточнения спорных диагнозов, при получении ложноположительных и ложноотрицательных результатов других исследований. Анализ кала методом полимеразной цепной реакции могут назначить:

  • гастроэнтеролог (взрослый или детский);
  • инфекционист;
  • гепатолог;
  • педиатр;
  • терапевт.
  • проктолог;
  • онколог;
  • диетолог.

По желанию сдать анализ можно самостоятельно на возмездной основе в любом диагностическом центре Москвы и других городов РФ.

Ключевые достоинства PCR-диагностики

Метод полимеразной цепной реакции обладает значительными преимуществами, в сравнении с иными анализами:

  • Подлинность идентификации возбудителей. Определение генно-молекулярной структуры патогенного микроорганизма обеспечивает высокую точность результата.
  • Гиперчувствительность к инфекционным агентам. Для выявления патогена достаточно его молекулярного присутствия в образце кала.
  • Оперативность проведения анализа. Исследование в условиях лаборатории занимает 1-3 дня.
  • Комплексность. Одного образца кала достаточно для проведения анализа на несколько патогенных микроорганизмов.
  • Универсальность. С помощью Рolymerase Сhain Reaction возможно определить практически любых инфекционных агентов. Кроме того, анализ обнаруживает не только активные патогены, но и неактивные (погибшие под воздействием лекарственных препаратов).
  • Специфичность. В отличие от серологических методов, ПЦР не допускает перекрестных реакций иммуноглобулинов с близкородственными не комплементарными антигенами. Такая особенность исключает получение ложноположительных результатов анализа.

Важно! Проведение исследования методом ПЦР возможно только в специально оснащенных лабораториях при условии абсолютной стерильности и высокой профессиональной квалификации персонала. Присутствие любых посторонних ДНК в воздухе может повлиять на итоговые показатели анализа.

Ошибочные результаты PCR фиксируются при редком явлении генной мутации бактерий и вирусов.

Контейнеры для анализа кала
Варианты контейнеров для сбора кала на анализы

Подготовка к сдаче биоматериала на анализ

Стандартные правила подготовки перед сбором экскрементов для ПЦР-диагностики включают:

  • Отказ от приема любых медикаментов за 3-4 суток. Энтеросорбенты и антибиотики оказывают влияние на кишечную флору, слабительные лекарства – на моторику кишечника, препараты железа – на окрас экскрементов. Это может «смазать» картину итоговых результатов.
  • Устранение из меню продуктов, провоцирующих интенсивное газообразование (блюда из бобовых, капусту, сдобу и ржаной хлеб), за 2-3 дня.
  • Исключение ректальных суппозиториев и микроклизм.
  • Отказ от употребления спиртных напитков за 2-3 дня.

При назначенной рентгенографии желудка с использованием бария обследование нельзя проходить до сдачи образца кала. Грудным детям за 3-4 дня не рекомендуется вводить новый прикорм.

Сбор биоматериала на анализ

Сбор и транспортировка биоматериала на исследование методом полимеразной цепной реакции допускается только в стерильном контейнере, который необходимо заранее приобрести в аптеке. Аптечный контейнер имеет герметичную крышку и снабжен специальной ложечкой. Сдать образец кала в лабораторию необходимо утром. Максимальный интервал доставки составляет 3 часа.

При сборе кала следует придерживаться алгоритма:

  • Провести гигиену аноректальной зоны без использования мыла (геля).
  • Опорожнить мочевой пузырь.
  • Произвести дефекацию в судно (использовать бумагу или полиэтилен). Если собирать образец из унитаза, неизбежно попадание микробов.
  • Заполнить аптечную емкость на 1/3 часть фрагментами фекалий (для этого использовать ложечку).
  • Герметично закрыть крышку контейнера.
  • Оперативно доставить биологический материал в лабораторию медицинского учреждения.

Важно! Запрещается пить слабительные лекарства (в том числе, травяные сборы и БАДы) и проводить процедуру клизмирования. Образец для исследования должен быть получен естественным способом.

Если незамедлительная транспортировка кала к месту исследования невозможна, плотно закрытый контейнер нужно поместить в холодильнике не более, чем на 12 часов. Хранение экскрементов в морозильной камере или при комнатной температуре делает их непригодными к молекулярному исследованию.

ПЦР диагностика

При сборе каловых масс с подгузника грудного ребенка важно следить, чтобы в контейнер не попали фрагменты гигиенической ткани. Женщинам не рекомендуется собирать кал для ПЦР-диагностики в первую неделю фолликулярной фазы менструального цикла.

Возможные примеси менструальной крови помешают исследованию. При необходимости проведения экстренного анализа влагалище необходимо закрыть гигиеническим тампоном. Молекулярная диагностика чувствительна к попаданию любых примесей.

Во время процедуры сбора биоматериала нельзя касаться внутренней стороны емкости, ложечки и крышки. Реакция амплификации может создать копии ДНК, случайно попавшей с рук. Итоговые данные будут ложными.

Результаты анализа

В указанное время пациент получает бланк с качественной интерпретацией результата. Варианты могут быть:

  • «обнаружено» или «положительно» – наличие инфекционного заболевания;
  • «не обнаружено» или «отрицательно» – отсутствие заражения.

Положительный результат при отсутствии выраженных проявлений болезни свидетельствует о латентном бессимптомном течении инфекции или пребывании возбудителя в стадии инкубации.

Кал на ПЦР
Пример бланка результатов молекулярного исследования кала

Итоги

ПЦР – один из самых информативных диагностических методов. Реакция амплификации базируется на определении ДНК и РНК возбудителей инфекционных заболеваний, что обеспечивает высокую точность результатов.

ПЦР анализ кала позволяет выявить вирусные и бактериальные кишечные инфекции, обнаружить инвазии простейших паразитов и гельминтов, а также на 100% идентифицировать патогенные микроорганизмы. Время выполнения исследования – 1-3 суток, в зависимости от загруженности лаборатории.

Источник

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – это целая группа заболеваний различной этиологии (бактерии, вирусы, простейшие), для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Источником заражения может быть пища, вода, грязные руки, инфицированные предметы быта. Для большинства ОКИ характерно довольно тяжелое течение с диареей, болью в животе, выраженной интоксикацией, особенно в детском возрасте.

Показания
Боли в животе, жидкий стул, урчание в животе (слышное на расстоянии), вздутие живота, боли вокруг пупка (усиливающиеся при дефекации), диарея. Исследование проводится для диагностики, а также дифференциальной диагностики острых форм кишечных инфекций, носительства, при обследовании контактных лиц, а также для оценки эффективности проведенного лечения.

Во время проведения скрининга идентифицируются:

Shigella spp. – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии).

E. coli (EIEC) – Escherichia coli, общепринятое сокращение E. сoli, (EIEC-энтеровазивные) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и повреждать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистый кишечник.

Salmonella spp. – относятся к семейству энтеробактерий. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита,  может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Диагноз ставится только после выделения возбудителя, в данном исследовании после обнаружения его ДНК.

Campylobacter spp. В настоящее время кампилобактер рассматривается как ведущая причина бактериального гастроэнтерита у населения во всем мире. Молекулярно-генетический анализ для определения группы кампилобактерий позволяет детектировать те виды кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией.

Adenovirus F – Аденовирусы группы F причина частых случаев вирусного гастроэнтерита. Наиболее часто аденовирусная кишечная инфекция наблюдается у детей в возрасте до 2 лет, однако также могут болеть подростки и взрослые люди. Молекулярно-генетический анализ аденовируса группы F обладает высокой диагностической чувствительностью и специфичностью.

Rotavirus A – ротавирусы А возбудители острой инфекции, при которой поражаются органы желудочно-кишечного тракта, сопровождается диареей, из-за которой возникает риск обезвоживания, нарушения электролитного и кислотно-щелочного баланса. Чаще гастроэнтеритом заболевают дети до 3 лет, у которых ротавирус составляет до 50% всех зарегистрированных случаев кишечных инфекций.

Norovirus 2 генотип – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Astrovirus – возбудитель острой кишечной инфекции. Астровирусная инфекция в большей степени поражает детей до 7 лет, причем наиболее часто заболевание наблюдаются у детей до года.При атаке вирусом поражается  эпителий кишечника и  Пейеровы бляшки. При этом развивается энтерит, сопровождающийся поносом и обезвоживанием организма. 

Тест ОКИ-скрининг позволяет выявить возбудителей бактериальных инфекций:

  • ЖКТ-дизентерии,
  • сальмонеллеза,
  • кампилобактерной инфекции,
  • эшерихиоза,
  • возбудителей вирусных гастроэнтеритов:
    • аденовирус,
    • норовирус,
    • ротавирус,
    • астровирус. 

Метод ПЦР в реальном времени характеризуется высокой диагностической чувствительностью и специфичностью, позволяет быстро и с высокой точностью определить возбудителя заболевания.

Подготовка
Исследование рекомендуется проводить до начала приема либо спустя 14 дней после приёма антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.  Исключается прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел  в течение 72 часов до сбора кала.

Сбор материала
Кал собирается после самопроизвольной дефекации в одноразовый пластиковый контейнер с герметичной крышкой и ложечкой-шпателем для отбора пробы. Следует избегать примеси к калу мочи и отделяемого половых органов.

Кал собирается в количестве не более 1/3 объёма контейнера, в объеме не менее 5 г (половина чайной ложки). Хранение при температуре +2+8 С. Материал необходимо доставить в медицинский офис в течение 24 часов.

Источник